A Ouvidoria foi criada em 2014, no início do primeiro reitorado do professor João Carlos Salles, como um órgão que busca ser um canal democrático de participação social da comunidade interna e externa.
A primeira ouvidora-geral da UFBA foi a professora Denise Vieira da Silva, cuja proposta central era o desenvolvimento da ouvidoria como um órgão de escuta qualificada, de mediação na resolução de conflitos e de encaminhamento de sugestões para alteração de políticas e procedimentos da universidade.
Entre 2014 e 2015, iniciou-se o processo de estruturação da ouvidoria com a composição de sua equipe de trabalho e funcionamento na sede da Reitoria, sendo depois transferida para a Biblioteca Universitária de Saúde (BUS), no campus do Canela, onde funciona atualmente. Foi realizada também uma ampla divulgação nas diversas unidades e órgãos da UFBA sobre a Ouvidoria e suas atribuições.
Entre 2016 e 2018, a ouvidoria passou a atuar de forma mais adequada como um órgão de assessoramento da Reitoria, auxiliando no diagnóstico e encaminhamento de problemas enfrentados pela gestão. Neste período, também se deu a consolidação da sua atividade central de acolhimento e atendimento das demandas da comunidade universitária, bem como de um modelo de atuação proativa, com o desenvolvimento de projetos em parceria com órgãos de gestão e unidades de ensino da UFBA.
Em 2019, foi nomeada a segunda ouvidora da UFBA, professora Iole Macedo Vanin, tendo como pautas a continuidade do trabalho já iniciado e o fortalecimento da ouvidoria.